Múzeumi gyűjtemények
A Pannonia Reformata közérdekű muzeális gyűjtemény, a Dunántúli Református Egyházkerület Tudományos Gyűjteményeinek keretein belül, annak intézményrészeként végzi tevékenységét. Elsődleges gyűjtőköre a Dunántúli Református Egyházkerület területére terjed ki. Gyűjti, rendszerezi, feldolgozza, publikálja a dunántúli református gyülekezetek történetével és hitéletével kapcsolatos, valamint a népi vallásosság témakörébe tartozó tárgyi és szellemi emlékeket, fotókat, dokumentumokat. Gyűjti a Pápai Református Kollégium történetére, nevelő és oktató munkájára vonatkozó tárgyi emlékeket. Őrzi a Pápai Református Kollégium ún. régiségtárában összegyűjtött muzeális jellegű, régészeti, történeti, művészettörténeti, numizmatikai, néprajzi, iparművészeti, oktatástörténeti stb. rész-gyűjteményeket.
Régészeti gyűjtemény
A most már nem gyarapodó gyűjtemény alapját Sárközy József 1863-as, a főiskola régiségtárának ajándékozott adománya alapozta meg. Ő, mint szenvedélyes gyűjtő, Ó-Szőny környékén sok szép tárgyat gyűjtött össze és idővel a kollégiumnak ajándékozta őket. A következő jelentősebb adomány Galamb István járásbíró nevéhez fűződik. Az adományozások koronájaként Markstein Károly 1885-ben egy óegyiptomi koporsót és múmiát ajándékozott egykori iskolájának.
A múzeum 2018-as újra nyitásakor kezdődött revízió során a régiségtárból a régészeti anyag leválasztásra és újra leltározásra került. A gyűjtemény jelenleg 477 darabot számlál. Sajnos a Borsos István által írt 1899-es katalógusban szereplő tárgyak nem mindegyike élte túl az „idők” viszontagságait. A gyűjtemény darabjai között találhatunk az önálló kiállításon szereplő óegyiptomi koporsón és múmián kívül kőkori, bronzkori, vaskori, római kori, közép- és újkori műtárgyakat is.
Képzőművészeti gyűjtemény
A képzőművészeti gyűjtemény legrégebbi és legnagyobb külön gyűjteménye a Baldácsy Antal által 1863-ban adományozott metszetgyűjtemény. Baldácsy az 1850-es években került kapcsolatba a pápai református kollégiummal, annak tanáraival, Tarczy Lajossal, Bocsor Istvánnal, Vály Ferenccel, Kerkapoly Károllyal kötött barátsága révén. A közel 3000 darabból álló, 1150 forint értékű gyűjteményt 16 kötetbe és egy nagy kapcsos könyvbe kötve kapta meg a főiskolai könyvtár. A Kollégium rajztanítási, szemléltetési, oktatási céljait szolgálta. A gyűjtemény művészeti és tudományos feldolgozása Felvinczi Takács Zoltán érdeme, leíró katalógusa 1910-ben jelent meg nyomtatásban. A II. világháború idején több alkotás elveszett vagy megsemmisült. A grafikák jelentős része rézmetszet, rézkarc, kisebb mértékben fametszet, illetve egyéb sokszorosított grafikai eljárással készült, de vannak egyedi grafikák is. Az anyagban található többek között 7 Dürer, 7 Rembrandt lap is.
A képzőművészeti gyűjtemény további darabjai a Kollégium működése során, főként egykori diákok, tanárok, helybéli mesterek, művészek ajándékaként kerültek a gyűjteménybe, pl. Balló László 48-as pápai honvédszobrai, Kisfaludi Strobl Zsigmond-szobormásolatok, Jókai Mór-grafikák, festmények, metszetek, sokszorosított grafikák.
Numizmatikai gyűjtemény
A főiskolai éremgyűjtemény alapjait Tóth Ferenc jeles egyháztörténész, a későbbi püspök vetette meg. Az 1814. július 1-jén Révkomáromban tartott egyházkerületi közgyűlésen éremgyűjtemény létrehozását javasolta. Indítványát elfogadták, és a gyűjtemény gyorsan létrejött egyházi és közéleti személyiségek, tanárok és diákok adományaiból.
1835-ben a Zsoldos-hagyatékkal gyarapodott az állomány. 1848-ban, Pápa városának horvát megszállása idején, az iskolai főhatóság menteni akarván, elásta a gyűjteményt az ókollégium pincéjében. A bizonytalan idők elmúlta után azonban semmit sem találtak a pincében. A veszteség és a megrendült bizalom sokáig bénította az éremtár fejlődését.
A következő nagy fordulatot 1863. év hozta. Sárközy József főbíró, főiskolai gondnok 3000 darabot megközelítő éremgyűjteményét ajándékozta a főiskolának. Újabb jelentős gyarapodás 1889-ben következett, amikor Pap Gábor dunántúli református püspök magyar éremgyűjteményét ajándékozta a könyvtárnak. 1893-ban került a gyűjteménybe Galamb István zirci járásbíró pénzgyűjteménye. Az adakozás később is folyamatos volt, ahogy ezt az évkönyvek tanúsítják. Kiemelkedő adományok a Vári Szabó Elemér- és a Veres József-féle hagyatékok voltak.
Borsos István 1909-ben az általa leírt magyar, 1911-ben a görög, barbár és római érmek katalógusait nyomtatásban is megjelentette. A II. világháború során a könyvtárat ért károk az éremgyűjteményt is érintették, főként az arany- és ezüstérme gyűjteményt. A görög-római éremtárat 1955-re dr. Répássy Gyula kéziratos katalógusában újra feldolgozta. A gyűjtemény a későbbiekben várostörténeti, történeti, iskolai, művészeti és irodalmi vonatkozású évfordulók alkalmával kibocsátott érmekkel gyarapodott.
Történeti gyűjtemény
A történeti gyűjtemény alapdarabjai a régiségtár tárgyai közül kerültek ki. A gyűjtemény részei: Egyházművészet, egyháztörténet, kollégiumtörténet, múzeumtörténet, néprajz, szakrális népi, általános történeti tárgyak. Egyházművészetbe soroljuk a főként 1971-1972 körül bekerült klenódiumokat, a míves ötvösmunkával készült kelyheket, bortartó kannákat, kenyértartó, kenyérosztó tányérokat, keresztelési tárgyakat, illetve a főként úri hímzéssel készült úrasztali terítőket, kendőket. Ezek a műtárgyak a 17-20. századból származnak. Egyháztörténetbe a lelkészek hagyatékaiból bekerült használati tárgyak, emléktárgyak, plakettek, pecsétnyomók stb. tartoznak. Ebben a részgyűjteményben találhatók a különböző templombútorzatok, perselyek, berendezési tárgyak is. Különleges darabjai a gyűjteménynek a festett mennyezetkazetták, templomi padok, úrasztala, karzatmellvédek Nemeskéről, Magyaralmásról, Nyárádról. A múzeumtörténet gyűjti a múzeummal kapcsolatos tárgyi emlékeket. A kollégiumtörténet a református kollégium működéséhez kapcsolódó tárgyakat gyűjti, pl. kollégiumi tanárok használati, emléktárgyait, plaketteket, kollégiumi berendezési tárgyakat, pecsétnyomókat, szemléltető eszközöket. A néprajzi jellegű tárgyak a törzsgyűjteményből maradtak ránk, mint pl. mustszűrő, különböző fakanalak, edények, tárolók. Néprajzi tárgyakat nem gyűjt már a múzeum, gyűjti viszont a szakrális népi tárgyakat. Ide tartoznak pl. a halottas lepedők, amelyek jelentős mennyiségben kerültek be a közeli Nyárádról. Ebbe a gyűjteményrészbe tartoznak az egyéni vagy családi áhítat tárgyai is: pl. az énekeskönyvek, konfirmációs emléklapok; a vallási ünnepekhez, közösségekhez tartozó tárgyak, mint pl. betlehem, szégyenkő, bábakönyv, különböző igés táblák.
Fotógyűjtemény
A gyűjtemény főként a Kollégium és a Nőnevelő Intézet működésével kapcsolatos fotókat tartalmaz. Kirándulásokon, rendezvényeken, a tanárokról, a tanárok által készült felvételek, a Nőnevelő Intézet és a református Kollégium tablói, tablóképei. Találhatók még az egyházközségek életével, a gyülekezeti élettel kapcsolatos felvételek is, mint pl. konfirmáció, egyházlátogatás során, istentiszteleteken, keresztelőkön, esküvőn készült felvételek.